抗菌薬は、細菌だけがもつ構造やしくみを狙うことで、宿主の細胞を傷つけずに細菌を抑える。作用機序で大きく4つに分類される。①細胞壁合成阻害＝βラクタム系（ペニシリン・セフェム）など。②タンパク質合成阻害＝アミノグリコシド・テトラサイクリン（30S）、マクロライド・クロラムフェニコール（50S）。③核酸合成阻害＝ニューキノロン系。④葉酸合成阻害＝サルファ剤。マイコプラズマ（細胞壁をもたない）やリケッチア・クラミジア（細胞内寄生）にはテトラサイクリンが用いられる。ニューキノロンは幼若動物の関節軟骨障害、テトラサイクリンは歯の着色・骨の発育への影響があり、幼齢・妊娠動物では注意する。
抗菌薬は、細菌だけがもつ構造（細胞壁など）やしくみを狙い、宿主の細胞を傷つけずに細菌を抑える（選択毒性）。作用機序で4つに分類される：①細胞壁合成阻害 ②タンパク質合成阻害 ③核酸合成阻害 ④葉酸合成阻害。
抗菌薬（抗生物質を含む）は、細菌の感染症を治療する薬である。
ヒトや動物の細胞を傷つけず、細菌だけを選んで抑える（選択毒性）ために、『細菌だけがもつ構造やしくみ』を標的にしている。
代表的な標的によって、抗菌薬は次の4つに分類される。
①細胞壁の合成を阻害する（動物細胞には細胞壁がないので細菌だけに効く）。
②タンパク質の合成を阻害する（細菌のリボソームは動物と少し違う）。
③核酸（DNA）の合成を阻害する。
④葉酸の合成を阻害する（葉酸は核酸合成に必要で、細菌は自分で葉酸を作る）。
どのしくみを止めるかで系統が分かれ、効く菌の範囲（スペクトル）や副作用も変わる。
細胞壁合成阻害薬は、細菌のペプチドグリカン（細胞壁）の合成を妨げて菌を破壊する。代表はβラクタム系（ペニシリン系・セフェム＝セファロスポリン系）。動物の細胞には細胞壁がないため、細菌に選択的に作用し、比較的安全性が高い。
細胞壁合成阻害薬は、細菌の細胞壁（ペプチドグリカン）を作る過程を妨げる。
細胞壁が作れないと、菌は浸透圧に耐えられず壊れて死ぬ（殺菌的）。
代表的なのが『βラクタム系（ベータラクタム系）』で、ペニシリン系、セフェム系（セファロスポリン系）、カルバペネム系などが含まれる。
このほか、グリコペプチド系（バンコマイシンなど）も細胞壁合成を阻害する。
動物（ヒト）の細胞には細胞壁がないため、細胞壁合成阻害薬は細菌だけに作用し、宿主への毒性が比較的低く安全性が高いのが特徴である。
（ただしペニシリンなどはアレルギーを起こすことがある点には注意する。
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タンパク質合成阻害薬は、細菌のリボソームに結合してタンパク質づくりを妨げる。リボソームの30Sを標的にするのがアミノグリコシド系・テトラサイクリン系、50Sを標的にするのがマクロライド系・クロラムフェニコールなど。
タンパク質合成阻害薬は、細菌がタンパク質を作る工場である『リボソーム』に結合して、その働きを止める。
細菌のリボソーム（70S）は動物のもの（80S）と構造が違うため、細菌に選択的に作用できる。
リボソームは大小2つの部分（サブユニット）からなり、どちらに結合するかで系統が分かれる。
【30Sサブユニットを阻害】アミノグリコシド系、テトラサイクリン系。
【50Sサブユニットを阻害】マクロライド系、クロラムフェニコール、リンコマイシン系（クリンダマイシンなど）。
これらは細菌のタンパク質づくりを止めることで、増殖を抑えたり菌を殺したりする。
核酸（DNA）合成阻害薬の代表はニューキノロン系で、DNAの複製に必要な酵素を妨げる（名前に『〜フロキサシン』が多い）。葉酸合成阻害薬の代表はサルファ剤で、細菌が核酸合成に必要な葉酸を自分で作るのを妨げる（ヒト・動物は葉酸を食事から摂るので影響を受けにくい）。
【③核酸（DNA）合成阻害】ニューキノロン系（フルオロキノロン系）は、細菌がDNAを複製するのに必要な酵素（DNAジャイレースなど）を妨げて、増殖を止める。
エンロフロキサシンなど、名前の語尾に『〜フロキサシン』が多い。
【④葉酸合成阻害】サルファ剤（サルファ薬・ST合剤など）は、細菌が『葉酸』を自分で合成するのを妨げる。
葉酸は核酸（DNA）を作るのに必要なので、葉酸が作れないと細菌は増えられなくなる。
ヒトや動物は葉酸を自分で作らず食事から摂るため、サルファ剤の影響を受けにくく、細菌に選択的に効く。
このように、抗菌薬は『細胞壁・タンパク質・核酸・葉酸』のどこを止めるかで4つに整理できる。
マイコプラズマ（細胞壁をもたない）には、細胞壁合成阻害薬（βラクタム）が効かない。また、リケッチア・クラミジアは細胞の中で増える『細胞内寄生』の病原体。これらマイコプラズマ・リケッチア・クラミジアには、テトラサイクリン系がよく用いられる。
細菌の中には、ふつうの細菌と性質が違うものがあり、効く抗菌薬も変わる。
【マイコプラズマ】細胞壁をもたない細菌。
細胞壁を作るのを妨げるβラクタム系（ペニシリンなど）は効かない。
【リケッチア・クラミジア】細胞の中でしか増えられない『細胞内寄生』の微生物。
これらマイコプラズマ・リケッチア・クラミジアに対しては、細胞内によく移行し、これらに効く『テトラサイクリン系』がよく用いられる（マクロライド系などが使われることもある）。
『マイコプラズマ・リケッチア・クラミジア → テトラサイクリン』と覚えておくとよい。
成長期・妊娠中の動物では一部の抗菌薬に注意する。ニューキノロン系は幼若動物で関節軟骨の障害を起こす。テトラサイクリン系は歯の着色（黄染）や骨・歯の発育への影響を起こす。いずれも幼齢・妊娠動物では慎重に使う。
成長期（幼若）や妊娠中の動物では、薬が発育に悪影響を及ぼすことがあるため、抗菌薬の選択に注意が必要である。
【ニューキノロン系】幼若（成長期）の動物に使うと、関節軟骨の障害を起こすことが知られており、若齢動物への使用には注意する。
【テトラサイクリン系】成長期に使うと、歯の着色（黄染）やエナメル質形成不全、骨・歯の発育への影響を起こすことがある。
これは骨や歯に沈着・色素沈着する性質によるもので、幼齢・妊娠動物では注意する。
このように、抗菌薬は『効くかどうか』だけでなく、『その動物の年齢・状態に使ってよいか』も考えて選ぶ必要がある。